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Jelly Bean の rootfs を見てると、init.trace.rc というファイルが増えています。
init.trace.rc は init.rc から import されて読み込まれるファイルです。
init.trace.rc の内容は以下のようになっています。
## Permissions to allow system-wide tracing to the kernel trace buffer.
##
on boot

# Allow writing to the kernel trace log.
chmod 0222 /sys/kernel/debug/tracing/trace_marker

# Allow the shell group to enable (some) kernel tracing.
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/trace_clock
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/buffer_size_kb
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/options/overwrite
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/events/sched/sched_switch/enable
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/events/sched/sched_wakeup/enable
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/events/power/cpu_frequency/enable
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/events/power/cpu_idle/enable
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/events/cpufreq_interactive/enable
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/tracing_on

chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/trace_clock
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/buffer_size_kb
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/options/overwrite
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/events/sched/sched_switch/enable
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/events/sched/sched_wakeup/enable
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/events/power/cpu_frequency/enable
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/events/power/cpu_idle/enable
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/events/cpufreq_interactive/enable
chmod 0664 /sys/kernel/debug/tracing/tracing_on

# Allow only the shell group to read and truncate the kernel trace.
chown root shell /sys/kernel/debug/tracing/trace
chmod 0660 /sys/kernel/debug/tracing/trace

権限を変更してるファイルを見ると、目的は ftrace のようです。

これがどのシーンで使われるのかは、adakoda さんの blog にありました。
[Android] systrace ツールを使ってパフォーマンス解析!

この便利なツールを使うには init.trace.rc の存在の他に、
kernel で trace を有効にするのと debugfs のマウントが必要です。

kernel config で以下を有効にする。
Kernel hacking ---> Tracers ---> Scheduling Latency Tracer
GalaxyNexus はデフォルトで有効になっています。
Emulator は無効。そもそも kernel が古くて使えない。

debugfs のマウントは GalaxyNexus の場合は init.tuna.rc に書いてあります。
mount debugfs /sys/kernel/debug /sys/kernel/debug

今後自分で Jelly Bean を載せた環境でトレースツールを使いたい場合、
今回調べたものがあれば使えるようになるはず。

補足
atrace は Android System Trace の略らしい。
ググっても出てこなかったので、systrace.py を見たら書いてあった。。。